در بخش تجزیه ادرار آزمایشگاه ویلسون تمام پارامترهای بیوشیمیایی از جمله: قند، پروتئین، بیلی روبین، اوروبیلینوژن و ... مورد تجزیه قرار می گیرند. به علاوه در این بخش می نوان ادرار را از نظر برخی موارد که به صورت معمول در ادرار وجود ندارند و در اثر برخی از بیماری ها سیتماتیک و نقص های ایمنی مادرزادی  در ادرار دیده می شوند نیز مورد آزمایش قرار می گیرند. کنترل کیفی داخلی و خارجی در مورد تمام پارامترها و عناصری که در بخش تجزیه ادرار مورد تجزیه قرار می گیرد انجام می شود و کنترل کیفی به صورت روزانه، هفتگی و ماهیانه انجام می شود. دیگر ویژگی این بخش از آزمایشگاه به کار گیری پرسنل کار آزموده و با تجربه است. همچنین این بخش از آزمایشگاه گزارش المنت های میکروسکوپی ادرار ارائه می دهد و در صورت وجود عناصر غیر طبیعی سلولی در رسوب ادرار بیماران، بررسی از نظر سیتولوژی ادرار به پزشکان معالج توصیه می گردد.

از جمله آزمایش هایی که در بخش تجزیه ادرار آزمایشگاه ویلسون انجام می شود آزمایش Semen Analyses می باشد که هم به صورت دستی (Manual) و هم با استفاده ازسیستم نرم افزاری CASA طبق استاندارد های WHO انجام می شود.